اسرا که بخشی از کتاب تورات میباشد ذکر شده است که شاهان هخامنشی عقاید مذهبی مردم کشورهای تحت  سلطه خود را محترم می شمردند و روش سازشگرایی با مذاهب غیر ایرانی داشتند. به همین روایت معبد یهودیان در اروشلیم به دستور هخامنشیان ساخته شده است.

اما بطور یقین این سازشگری با ادیان دیگر را نمیشود با لغت �قبول کردن و یا تحمل کردن عقاید دیگران� �tolerance� توضیح داد. چرا که این واژه در اروپا بعد از دوره روشنگری مرسوم گردید (قرن ۱۸). مدارک کامل و تسلسلی تاریخی در مورد سیاست مذهبی هخامنشیان وجود ندارند که با استناد بر آنها بشود یک تصویر روشنی از این سیاست ارائه داد. در نظر اول این مدارک در تضاد با یک دیگر نیز قرار دارند، چرا که نه فقط بدستور شاهان در کشور های دیگر معبد بنا میکردند بلکه معبد نیز بدستور آنها منهدم میگردید (هرودت تاریخ نویس یونانی از خراب شدن معبد ها در آتن بدستور خشایارشاه اطلاع میدهد). اما تعجب آور نیز میباشد که خشایارشا قبل از انهدام در این معبدها نیایش نیز میکرده است. اما شاهان هخامنشی خدایان این معبد ها را بعنوان دشمن تلقی نمیکردند. بلکه انهدام این اماکن بیشتر جنبه نظامی داشت، چرا که از یک طرف دیگر این خدایان قادر نبودند از سپاهیان خود بر علیه ارتش هخامنشی پشتبانی کنند و از طرف دیگر نیز نابودی معبدها از نظر روحی تاثیر منفی بر سربازانی داشت که بر علیه هخامنشیان می جنگیدند، در واقع اعتماد بنفس آنها را متزلزل میکرد. و اگر شاهان بابل مجسمه خدایان کشور های مغلوب را به کشور خود آورده بودند هخامنشیان بعد از تصرف بابل دو باره آنها را به مکان اصلی خود باز گرداندند و حتی شاهان هخامنشی این خدایان را نیز پرستش میکردند. در واقع شاهان هخامنشی هم خدایان ایران را میپرستیدند و هم خدایان کشورهای تحت سلطه را. شاهان هخامنشی معتقد بودن که پرستیدن این خدایان بقاء امپراطوری آنها را طولانی میکند و در ضمن اختیارات آهورمزدا را برای ایران محدود میدانستند. از قرار معلوم مذهب زیاد برای شاهان هخامنشی مهم نبوده، بلکه پابرجا ماندن امپراطوری از اهمیت بیشتری برخوردار بوده است. با اینکه داریوش اول دین زرتشت را قبول کرده بود ، اما او در معبد یونانی از کشیش ها در باره آینده خود سوال میکرد (oracle). همین شاه در اورشلیم از کشیش یهودی خواست که برای پسرانش دعا کند. با اینکه در دین زرتشت قربانی کردن حیوانات بوسیله آتش در مراسم مذهبی یک عمل نادرست محسوب میشد داریوش این عمل را برای یهودیان مجاز میدانست وحتی پشتیبانی مالی نیز از این مراسم میکرد. اشاعه دین زرتشت بقول زرتشت شناس معروف Boyce در زمان کورش آغاز شد.

اما شاهان هخامنشی با دادن آزادی مذهبی به مردم در کشورهای تحت فرمان خود و پشتبانی از احداث معبدها منافع اقتصادی و امنیتی امپراطوری را دنبال میکردند. و اینکه در تاریخ اغلب به این نکته اشاره میشود که هخامنشیان بردبار و �دمکرات� در مقابل عقاید مذهبی دیگران بودند درست نمی باشد. معبدها از مردم مالیات کسب میکردند و بخشی از این مالیات به دربار هخامنشی ها پرداخت می گردید. در هر معبدی صندوقی وجود داشت به نام �صندوق شاه�. مسئول امور مالیاتی در این اماکن مذهبی یک ایرانی بود که از طرف دربار تعیین میگردید. این مالیات مذهبی جدا بود از مالیاتی که دولت هخامنشی از دستگاه اداری این کشورها دریافت میکرد. در ضمن با دادن آزادی مذهبی در کشور تحت کنترل آرامش بر قرار میگردید که این امر شکوفاهی و رونق اقتصادی و در نتیجه درآمد بیشتر مالیاتی را به دنبال داشت. و تا قبل از تصرف مصر در زمان کامبیز این کشور خطری برای امپراطوری محسوب می شد و به همین علت دولت هخامنشی کوشش می کرد که مرزهای غربی خود را از صدمه خوردن از این سوی مستحکم کند. راضی نگهداشتن مردم در این نواحی باین سیاست کمک میکرد. از دیدگاه امروزی سیاست مذهبی هخامنشیان در کشورهای تصرف شده منطقی ، خردمندانه و برای آن زمان بسیار مدرن بود. فیلسوف آلمانی هگل با نگاه باین مدرنیته دولت هخامنشی است که اشاره میکند: تاریخ بشریت با امپراطوری هخامنشیان آغاز گردید.